En 1988 tras la salida de Sergio Arau de la banda, Francisco Barrios “Mastuerzo” y Armando Vega Gil, terminan el año con los compromisos adquiridos con anterioridad, con Lalo Tex (fundador del grupo Tex Tex), quien toca la guitarra para poder cumplir con las fechas.

Una vez cumplidas estos compromisos, Paco y Armando, deciden sumar a las filas de la banda a Rafael González en la percusión,  Benjamín Alarcón en los teclados y en la guitarra a Santiago Ojeda,  con quienes graban en 1989 Niña de mis ojos, un material que sigue con la esencia de la banda, pero con mucha más musicalidad y más experimentación con los ritmos y las secuencias.

Es aquí cuando Botellita de Jerez toma un rumbo arriesgado y graba Abuelita de Batman, una canción que es utilizada para probar el concepto que ellos mismos denominaran como “La canasta básica” en donde la banda comenzaba a jugar con cumbias y sonidos tropicales, para asi entrar a un nuevo mercado y tratar de obtener más impacto del que se había logrado en el circuito del apenas naciente rock mexicano.

La banda graba “Busca amor” que contiene canciones como Tiburón, Busca amor, un cover en versión cumbia de Creedence, Alarmala de Tos en una versión tropical, entre otras, con las que la banda tiene mayor presencia mediática, al grado de participar en una telenovela junto a Eduardo Capetillo y Mariana Garza.

La banda se da a conocer, pero pierde credibilidad con el público rockero, que inicialmente eran fieles al concepto del Guacarrock, es por esto, que la banda comienza a pensar el nuevo rumbo musical que tomaran y es asi como Benjamin Alarcón deja a la banda.

Fueron mas de 4 años en los que Botellita de Jerez, replanteo el concepto de su música y es asi como preparan el material de regreso al rock y lo hacen editando este disco con una compañía naciente de rock que comenzaba a despuntar con buenas propuestas y que estaba generando un nuevo movimiento, Culebra records.

El material Forjando Patria, sencillamente los reivindico con el público rockero, un material plagado de buena música, con un tono de mucha protesta, de punch y perfecto para el momento histórico del país y de la contracultura.

Para muchos este es el mejor disco de la Botellita de Jerez, quienes en 1994 se suman al movimiento del Ejercito Zapatista de Liberacion Nacional, que comenzaba a realizar cruzadas de apoyo a las comunidades de Chiapas, en una extensa gira que se conoció como “Serpiente sobre ruedas” en donde la banda tuvo la oportunidad de ganarse la confianza de sus seguidores y comenzar a capturar a nuevos, quienes hicieron posible que este disco se colocara en el gusto de la gente con canciones como Luna Misteriosa, La Valona de la conquista, Santos con la tetona Mendoza o Laberinto de la soledad.

Durante todo 1995 la banda recorrió parte del país presentando este disco sumándose a este nuevo movimiento de rock.

En 1996 Santiago Ojeda, deja la banda por cuestiones de ofertas laborales y entra en su lugar Fernando Andrade, este mismo año graban un disco en acústico, de éxitos de la banda, que hace un recorrido por su historia musical, además de ser el primer disco en el que la banda deja plasmado su performance con el público, cuestión que siempre habían tenido en el tintero, pero que nunca se había dado, este disco es el "Desenchufado de la Botellita de Jerez"

El disco se convierte en un material de culto, que retoma canciones del pasado, que se dan a conocer para las nuevas generaciones gracias al surgimiento de algunos programas en los medios de comunicación.

En 1997 Rafael González, conocido como “El Sr. González”, decide dejar la banda, situación que hace pensar a Armando y a Paco en la desintegración de la Botellita de Jerez, para lo que hacen un concierto con lleno total en el Teatro Metropolitan, en el que invitan a casi todos los ex integrantes de la banda y se graba un disco en vivo de esta despedida.

El show se dividió en tres partes, la primera fue con la más reciente alineación, en donde demostraron todo el punch de la banda, la segunda fue un acústico en donde y la tercera fue una aparición especial con el trio fundador, con Sergio Arau, lo cual causo entre el público un inmenso furor, al final todos tocaron juntos Alármala de Tos, con invitados como Rubén Albarrán de Café Tacvba.

En estos años de separación, la banda es requerida para la grabación de algunos temas para películas como: Si Te Preguntan Por Mi para la película Piedras Verdes (2003), Corazón de melón y ChaChaCha de Mi Gorda para la película Corazón de Melón (2005), ¿Dónde está José? para la película dirigida por Sergio Arau, Un Día Sin Mexicanos (2005) y finalmente, asi como algunos homenajes como Jefe de Jefes para el Homenaje a los Tigres del Norte (2003), Ese para el Homenaje a Tin Tan (2005), El Viernes para el Tributo a León Chávez Texeiro - La Chava de Martín Carrera (2010).

En este lapso, Botellita de Jerez, comienza a dar esporádicamente conciertos con la alineación fundadora, sin grabar nada nuevo, únicamente presentando sus éxitos de los primeros 3 discos.

Es en 2012 cuando gracias a la película Santos contra la tetona Mendoza, que la alineación Barrios, Vega Gil, Ojeda y González, se junta de nuevo, para re grabar el soundtrack que lleva el mismo nombre y que es lanzada ese mismo año a nivel nacional.

Irónicamente, ese mismo año, la historia se repite y Sergio Arau, deja a la banda y Santiago Ojeda y Rafael González son invitados a conformar la HH Botellita de Jerez.

Lanzan ese año un concierto de reencuentro en las instalaciones del Instituto Politécnico Nacional, en donde con un teatro lleno en su totalidad y con gente afuera que ya no pudo entrar al concierto, los ahora HH Botellita de Jerez, se reencuentran con su público y sacan a la luz una primer canción inédita, “Sin maíz, no hay país”,  que posteriormente comparten en las redes sociales y que marca el regreso de la banda con nuevo material después de 16 años sin sacar un solo disco.

Las redes sociales sirvieron durante el proceso de creación y de grabación, como plataforma para dar a conocer las canciones que iban conformando y que quizás se podrían convertir en un nuevo disco para la banda.

Es en el 2015 cuando se anuncia el lanzamiento del disco de la banda #NoPinchesMames, el cual presentaron en el Lunario del Auditorio Nacional, logrando retomar al público rockero en conjunto con seguidores que llevan más de 4 generaciones con la música de la Botellita de Jerez.

El 1 de Abril de 2019 tras la muerte de Armando Vega Gil, los miembros anuncian el final de la banda, pues desde siempre fué un acuerdo de los integrantes, que al fallecer alguno, la banda de rock terminaría. 

El último concierto de la banda fué en Aguascalientes el 28 de Marzo del 2019.